温州南站有一个行李寄存区域，位于站房到达层。在该区域内有专门的柜台提供行李寄存服务。旅客可以选择不同大小的储物柜，价格也有所不同。寄存价格按小时计费，最低收费5元，最高收费35元。旅客将行李放好后，会收到一个电子券，用来取回寄存的行李。为了安全起见，该区域内有监控系统和保安人员进行巡查，能够保护旅客的行李安全。