没有确切的证据表明朱小芹和王天柱最后是否在一起了。他们在电视剧《隐秘的角落》中的感情线非常复杂，尽管他们彼此有感情，但由于人生道路的不同选择和良心的被动，他们不能在一起。电视剧结尾并没有明确他们是否在一起，而是展现了他们各自面对现实和选择的最终结果。因此，是否在一起留给观众自己去想象和解读。