自主申报营业执照和非自主申报营业执照的主要区别在于申报方式和纳税依据。自主申报需要个体工商户自行核实实际收入，填写申报表，并支付与实际收入差额的税款。而非自主申报则是由税务机关统一核实申报金额，个体工商户只需在税务部门窗口受理申报并缴纳税款。

此外，自主申报的营业执照在制定纳税政策时，需要根据现金流、收入明细等数据来确定申报税率，而非自主申报则可能根据实地视察等方式确定申报税率。

总的来说，自主申报营业执照要求个体工商户对自己的经营情况有清晰的了解和规划，而非自主申报则更多依赖于税务机关的核实和指导。个体工商户可以根据自己的实际情况和需求选择适合自己的申报方式。