高度和限高：
上层隧道比下层隧道高，通常用于双向行驶的小轿车和轻型货车。下层隧道比上层隧道低，通常用于大型货车和高度较高的车辆，因此下层隧道的限高比上层隧道更高。
通行方向：
上层隧道和下层隧道的通行方向不同，上层隧道通常用于上行车道，下层隧道通常用于下行车道。
线路交叉：
上层隧道和下层隧道在线路交叉方面有所不同，上层隧道采用立交桥式设计，车道交叉，而下层隧道采用了立交隧道式设计，车道不交叉。
安全性：
上层隧道和下层隧道在安全性方面也有所不同。由于上层隧道较高，所以下层隧道在遇到紧急情况时，通常会关闭上层隧道，将其作为应急车道使用，以提高安全性。