一个自然人多个个体户经营所得需要分别申报。根据税法规定，每个个体户都需要独立申报纳税。自然人可以根据每个个体户的经营所得情况，分别填写个体户所得税申报表，并按照规定的时间提交给税务机关。

在申报过程中，需要提供每个个体户的相关经营收入、成本、费用等信息，并按照税法规定计算纳税金额。

同时，自然人还需要注意合理安排个体户的经营结构，避免出现偷漏税等问题，确保合规纳税