染色珠的鉴别可以通过以下几种方法进行：
观察颜色：染色珍珠的颜色往往不均匀，可能在某个部位颜色集中聚集，或者呈斑点状散布于珍珠的各个部位。在强光的照射下，染色珍珠的珍珠质会呈现出与天然珍珠不同的同心圆状，染料的痕迹更容易在珍珠的孔洞中被发现。
荧光及可见光光谱鉴定：在长波紫外线照射下，染色珍珠会发出染料的紫外荧光，而天然珍珠则不会。例如，天然黑珍珠在荧光灯的照射下会呈现暗红色，而染色珍珠则没有这种现象发生。
拉曼光谱检测：这是一种科学性强的检测方法，需要在检测实验室中完成。染色珍珠的拉曼光谱会呈现出很强的荧光背景，尤其是在1330厘米和1596厘米两处会呈现出明显的染剂峰，而天然珍珠的拉曼光谱则完全不同。
摩擦珍珠粉末：如果不心疼的话，把两个珍珠在一起用力的摩擦，会有珍珠粉末掉落下来。如果珍珠的粉末是白色的，那么是天然珍珠；如果粉末是带有颜色的，比如大溪地黑珍珠，粉末是黑色或者褐色，那么就是染色珍珠。